BigStitcher：組織のGoogleマップ

• 研究者は、生物学的分析を容易にするための新しいソフトウェアプログラムを構築しました。
• 大規模なデータセットを自動的に処理し、インタラクティブな視覚化、高速で正確な位置合わせ、およびリアルタイムの融合を可能にします。

サンプルの除去や拡大顕微鏡などの最新の光学顕微鏡法は、臓器に関する詳細な洞察を提供しますが、処理が非常に困難な膨大な量のデータを生成します。

これらの方法は、高度なライトシート顕微鏡の助けを借りて、科学者が大きなサンプルを迅速に処理することを可能にします。ただし、このような手順では過剰なデータ（テラバイト単位）が生成されるため、科学者がデータをふるいにかけて整理することは困難です。

混乱の中で秩序を作り出すために、国際的な研究者のチームが、生物学的分析プロセスを簡単にするBigStitcherという名前のソフトウェアプログラムを構築しました。結果が3DモードのGoogleマップのように見えるように、複雑なデータを再構築します。

それは何をしますか？

BigStitcherを使用すると、科学者は全体像の概要を把握できます。特定の位置にズームインして、個々の構造を目的の解像度で分析できます。

より具体的には、ソフトウェアプログラムは、インタラクティブな視覚化、高速で正確な位置合わせ、リアルタイムフュージョン、デコンボリューション、およびマルチタイル、マルチビューデータセットの空間的に分解された品質推定を可能にします。光学効果を補正し、精度を向上させながら、標本のサイズを2倍にすることができます。

このような大規模なデータセットを正確に再構築するには、取得プロセスによって導入されるさまざまなタイプの画像と強度変換の補正が必要です。したがって、研究チームは、取得したデータの品質に関する空間的にローカライズされたフィードバックを提供しながら、関連するすべての変換を補正するインタラクティブな段階的プロセスを構築しました。

参照：ネイチャーメソッズ| DOI：10.1038 / s41592-019-0501-0 | MDC

生物学者がズームインして細部を高解像度で視覚化できるズーム機能があります。これは、さまざまな質問に対する答えを見つけるのに役立ちます。例

• 脳のどこで細胞分裂が起こっているのですか？
• 特定のニューロンの投射はどこで終了しますか？
• RNAはどこで発現しますか？

このプログラムはデータを自動的に処理します。大きな画像、まばらなデータセット、品質の見積もり、インタラクティブな融合の管理を効率的に処理します。

ミバエの幼虫の神経系を通る2つの仮想直角断面

BigStitcherは、パフォーマンス、機能、およびユーザー操作の点で既存のソフトウェアよりも優れています。大規模なデータセットを自動的に再構築するのに数分しかかからず、クリアされたサンプル、従来の2Dおよび3D共焦点および広視野の取得、タイル化されたマルチビューライトシートの取得をサポートします。

これらの機能により、BigStitcherはいくつかのラボでなくてはならないツールになっています。 ImgLibに実装され、フィジーのフレームワーク内で配布されます。

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最良の点は、プログラムが集中的な計算リソースを必要としないことです。標準のコンピューターで実行して、チームメンバー間でデータを簡単に共有できます。

また、オープンソースツールであるため、誰でも無料でダウンロードできます。最新の安定版リリースはGitHubで入手できます。